Te nat hout en te droog hout kunnen niet worden aangetast. Is het vochtpercentage lager dan 20 procent dan is er te weinig water voor schimmelgroei. Is het water verzadigd met water of zit hout letterlijk onder water, dan kan een schimmel ook niet groeien. Daar waar water is, is geen zuurstof. Dit laatste is nodig voor schimmelgroei.
Het spinthout van de meeste houtsoorten zijn slecht bestand tegen schimmels. Wanneer de omstandigheden voor schimmels gunstig zijn kan het spint relatief snel rotten. Om hout na het kappen niet te laten rotten, wordt het of voortdurend beregend of juist gedroogd. Bacteriën kunnen wel zonder zuurstof groeien. Dit gaat alleen heel erg langzaam. In de bouw spelen ze amper een rol.
Soorten schimmels
Schimmels komen niet alleen voor in het hout. Ook aan het oppervlak kunnen schimmels zich ontwikkelen (zie kader: ‘Schimmelsoorten’). Deze oppervlakteschimmels lijken vaak op vuilaanhechting, maar zijn in wezen zogenaamde ‘surface moulds’. Dergelijke schimmels tasten het hout niet aan, maar wijzen wel op een vochtprobleem en zijn esthetisch vaak niet acceptabel. Met een behoorlijk vergrootglas zijn ze duidelijk zichtbaar als draadvormige aangroei.

Blauwschimmels worden vaak aangetroffen onder de verflaag. Bij naaldhoutsoorten zijn ze het meest waarneembaar. De blauwschimmel tast het hout niet aan, maar zorgt wel voor een verhoogde wateropname en beschadigt op termijn het verfsysteem. Deze schimmel voedt zich met sappen en suikers uit het oppervlak van het hout.
Bruinrot is als derde een echte houtaantaster. Deze schimmelsoort is verantwoordelijk voor de afbraak van het zogenoemde (hemi)cellulose en wordt in de praktijk het meest gezien als veroorzaker van houtrot. Witte rot zorgt voor de afbraak van het lignine en de (hemi)cellulose. De afbraak van lignine en (hemi)cellulose kan ook worden veroorzaakt door de vijfde houtrotsoort: soft rot. In dat geval is er sprake van schimmelaantasting in combinatie met de afbraak van het hout door een bacterie in de ondergrond.

Duurzaamheid
Voor houttoepassing is de weerstand tegen schimmels belangrijker dan de bestandheid tegen bacteriën of insecten. Insectenaantasting kan bij droog en nat hout plaatsvinden. De schilder komt deze laatste vorm van aantasting vrijwel niet tegen.
Er zijn verschillende manieren om de bestandheid van hout tegen schimmels bepalen. Bijvoorbeeld aan de hand van een schimmeltest. Hierbij wordt met een laboratoriumtest het massaverlies in een bepaalde periode bepaald. De ‘kerkhofproef’ is de meest bekende methode. Hierbij worden staken hout met vaste afmetingen voor de helft in de grond geslagen.

Jaarlijks wordt beoordeeld of er nog een minimale sterkte aanwezig is. Verschillende houtsoorten worden daarbij vergeleken en als referentie gebruikt. Ook niet duurzame houtsoorten worden daarbij gebruikt. Bijvoorbeeld beuken en grenen spint. Ook wordt in grondbakken op laboratoriumschaal hout getest. Hierbij worden kleine staakjes hout gebruikt en ook hier wordt het massaverlies bepaald en vergeleken met referentiehout.
Uiteindelijk deelt men hout in vijf klassen. Van 1. zeer duurzaam (>25 jaar), 2. duurzaam (15-25 jaar), 3. matig duurzaam  (10-15 jaar), 4. weinig duurzaam (5-10 jaar) tot 5. niet duurzaam (<5 jaar). De houtsoorten die toegepast mogen worden voor geveltimmerwerk moeten goedgekeurd zijn door SKH (Stichting Keuringsbureau Hout).
Chemische modificatie
Omdat de behoefte naar hout wereldwijd blijft groeien, komen er steeds meer nieuwe houtsoorten in de bouwmarkt. Ook wordt minder duurzaam hout meer en meer chemisch bewerkt om de houtsoort zodoende naar een hogere duurzaamheidsklasse te brengen. Acetyleren is de bekendste vorm van chemische modificatie. 
Bepaald naaldhout (Radiata pine) wordt daarbij onder vacuüm en hoge temperatuur behandeld met geconcentreerd keukenazijn. Dit zogenoemde azijnzuuranhydride reageert met de zwakke houtcellen, waardoor de houtstructuur wordt omgezet. Het vermogen om water op te nemen neemt daarbij drastisch af en schimmels krijgen daardoor geen vat meer op het hout. Niet alleen de bestandheid tegen houtrot neemt toe, ook de weerstand tegen UV-straling en verwering verbetert door acetyleren sterk. De via deze methode verkregen houtsoort noemt men ‘accoya’.
Vuren of populierenhout wordt onder de noemer ‘platohout’ ook wel gebruikt om te modificeren. Hierbij wordt het hout sterk verhit. Het hemicellulose wordt daarbij omgezet in aldehydes, maar de cellulose blijft intact. Dit is belangrijk voor het behoud van de mechanische eigenschappen van het hout. De aldehydes reageren met de lignine in het hout waardoor onder andere waterafstotende verbindingen ontstaan. Hierdoor wordt het hout vooral duurzamer en neemt het water-opnemend vermogen af.
‘Lambowood’ is een derde Nederlandse variant van verbeterd hout. Hier wordt vuren in een droogoven bij een hoge temperatuur en een laag zuurstofgehalte gemodificeerd. Het hout wordt hierdoor niet alleen duurzaam, ook het krimp- en zwelgedrag neemt zeer sterk af. Verder worden er verbeterde houtsoorten op de markt gebracht zoals ThermoWood, Lunawood, ModiWood, Stellacwood, Stora Enso ThermoWood en Thermohout.
Schimmelsoorten
In relatie tot houtaantasting zijn de volgende schimmels in de praktijk aan de orde:
1. Oppervlakteschimmels;
2. Blauwschimmels;
3. Bruinrot;
4. Witte rot;
5. Zachte rot.


